Il n'intervient jamais directement auprès des organismes de formation : il contrôle ceux qui les auditent. Dans le dispositif Qualiopi, seuls les organismes certificateurs accrédités par le COFRAC, ou engagés dans une démarche d'accréditation, figurent sur la liste publiée par le ministère du Travail et peuvent donc délivrer la certification. Cette architecture à deux étages est ce qui donne sa valeur à Qualiopi : le certificateur qui vous audite est lui-même audité.

Les certificats qu'il a délivrés ne deviennent pas caducs du jour au lendemain, mais l'organisme certifié doit se rapprocher d'un autre certificateur accrédité pour la suite de son cycle, notamment pour l'audit de surveillance et le renouvellement. Il est prudent, au moment de choisir son certificateur, de vérifier l'antériorité et la portée de son accréditation.